Als Hauptgefährdungsursachen für die Wildkatze gelten heute die hohe Mortalität durch den Straßenverkehr sowie der Verlust und die Verschlechterung geeigneter Lebensräume.

Der positive Ausbreitungstrend wird negativ beeinflusst von einer hohen Straßenmortalität, die sich in der Anzahl der Totfunde der letzten  Jahre widerspiegelt. Von 2018 bis 2020 wurden im Rahmen des Wildkatzen-Monitorings insgesamt 81 Katzen mit „Verdacht auf Wildkatze“ an das FVA-Wildtierinstitut (WTI) gemeldet. Darunter wurden 49 genetisch als Wildkatze identifiziert. Die tatsächliche Zahl überfahrener Tiere ist vermutlich um ein Vielfaches höher. Vor allem Bundesstraßen und Autobahnen stellen ein erhöhtes Unfallrisiko dar, aber auch Landstraßen, die geeignete Lebensräume durchschneiden, können ein lokales Populationsrisiko darstellen.

In Baden-Württemberg werden zur Verringerung des Tötungsrisikos die Installation von wildkatzensicheren Zäunen entlang von Autobahnen und Bundesstraßen und die Einrichtung von Querungshilfen an Wildunfallschwerpunkten empfohlen.

Eine auf Strukturarmut ausgerichtete Waldbewirtschaftung, fehlende Alt- und Totholzstrukturen sowie ein dichtes Wegenetz verschlechtern die Lebensräume besonders. Daher spielt die Waldwirtschaft in allen Waldbesitzarten eine wichtige Rolle für den Erhalt und die Entwicklung einer stabilen Wildkatzenpopulation.

EIm Rahmen des Wildkatzen-Monitorings des FVA-Wildtierinstituts wurden in den letzten Jahren vermehrt Wildkatzenhybride gefunden. Bei diesen Tieren handelt es sich um tot aufgefundene Tiere, in Jagdfallen oder im Rahmen eines Forschungsprojekts gefangene Tiere sowie
um Fundtiere, die von Personen mitgenommen oder in Tierheimen abgegeben wurden. Ungefähr die Hälfte der tot oder lebend gefundenen
Katzen wurden seit 2016 genetisch als Hybrid bestätigt. Da es sich um Zufallsfunde handelt, ist die Schätzung einer Hybridisierungsrate
innerhalb der Population nicht möglich.

Die Gefährdung der Wildkatzenpopulation durch Hybridisierung wurde 2021 durch eine systematische Erhebung mittels Lockstöcken
bestätigt. Es wurden Hybridisierungsraten von über 50 Prozent gefunden. Die meisten Hybriden sind Wildkatzen-Rückkreuzungen. Es wurden auch Hybride der F1- und F2-Generation gefunden sowie Rückkreuzungen mit Hauskatzen. Der hohe Anteil an Hybriden in Baden-Württemberg liegt deutlich über dem Bundesdurchschnitt, der mit 3,9 Prozent als sehr gering eingeschätzt wurde

Ein erhöhter Anteil an Hybriden in einer Population wird häufig an Verbreitungsrändern und in dünn besiedelten Gebieten gefunden. In Baden-Württemberg werden Wildkatzen daher immer genetisch untersucht um den Anteil an Hybriden zu überprüfen.