Der Baummarder ist überwiegend an den Wald gebunden, wird aber zunehmend in suboptimalen Lebensräumen wie stark isolierten Waldgebieten oder in Siedlungsnähe nachgewiesen. Hohlbäume sind essenzielle Requisiten für eine erfolgreiche Bestandsentwicklung, da Baummarderfähen vorwiegend große Baumhöhlen als Wurfplätze nutzen. Die naturnahe Waldwirtschaft, die Umsetzung des Alt- und Totholzkonzepts sowie der zunehmende Waldanteil sollten positive Effekte für den Baummarder haben. Allerdings wurde seine tatsächliche Lebensraumnutzung innerhalb Baden-Württembergs bislang nicht näher untersucht. Baummarder bevorzugen deckungsreiche Strukturen als Vernetzungselemente zwischen den Flächen. Die zunehmende Fragmentierung von Waldflächen durch anthropogene Infrastrukturen ist für den Baummarder problematisch, da der Verkehrstod seine häufigste Mortalitätsursache ist.

Laut deutschlandweitem FFH-Bericht von 2019geht die größte Gefährdung der Art von der Verschlechterung ihres Lebensraumes aus. Ein Blick auf die steigenden Fallwildzahlen zeigt auch, dass Straßen und Bahnschienen für den Baummarder zunehmend zu unüberwindbaren Hindernissen werden (siehe Abbildung zur Jagdstrecke aus dem Wildtierbericht 2021). 

Durch die geringen Zahlen und der möglichen Verwechslung von Baum- und Steinmarder bei der Meldung von Beobachtungen und der Jagdstrecke liefern die so gewonnenen Daten keine ausreichenden Informationen, um die Bestandssituation und –entwicklung des Baummarders bzw. seinen Erhaltungszustand nach der FFH-Richtlinie im benötigten Umfang beurteilen zu können.